Năm 1527, Mạc Đăng Dung cướp ngôi nhà Hậu Lê lập ra nhà Mạc. Năm 1533, tướng cũ của nhà Lê là Nguyễn Kim lập con vua Lê Chiêu Tông lên ngôi, tức là Lê Trang Tông. Năm 1545, Nguyễn Kim bị sát hại, con rể là Trịnh Kiểm lên thay. Để nắm trọn binh quyền, Trịnh Kiểm đầu độc giết con cả của Nguyễn Kim là Nguyễn Uông. Em của Uông là Hoàng lo sợ bị anh rể hại, nên nghe theo lời khuyên của Nguyễn Bỉnh Khiêm, xin vào trấn thủ Thuận Hóa. Trịnh Kiểm cho rằng đất ấy là nơi xa xôi, hoang vu nên đồng ý cho đi, nhằm mục đích mượn tay quân Mạc giết Hoàng. Tuy nhiên, không những đánh bại quân Mạc, Nguyễn Hoàng còn lấy được lòng dân Thuận Hóa.

Mải đối phó với nhà Mạc, Trịnh Kiểm cho Hoàng kiêm trấn thủ luôn Quảng Nam. Năm 1570, Trịnh Kiểm chết, con cả là Trịnh Cối lên thay. Cối không màng chính sự, bị em là Trịnh Tùng đoạt quyền. Cối cùng đường đầu hàng nhà Mạc và chết già ở đất Bắc.

Trịnh Tùng nắm đại quyền, thao túng triều đình, cho người ám sát vua Lê Anh Tông lập vua nhỏ là Thế Tông. Năm 1592, Trịnh Tùng đánh chiếm được Thăng Long, đuổi họ Mạc chạy lên Cao Bằng. Khi rước được vua Lê về kinh thành, Trịnh Tùng bắt đầu tính tới người cậu Nguyễn Hoàng phía nam.